সকল ধর্মের প্রতি শ্রদ্ধা পোষণকারী তৃতীয় মুঘল সম্রাট আকবরের ১৫৬০ থেকে ১৬০৫ পর্যন্ত রাজত্বকালে সহিষ্ণুতা ও সহযোগিতার এই চেতনা সবচেয়ে উল্লেখযোগ্যভাবে তার নীতিমালায় প্রকাশ পায়। হিন্দুদের প্রতি সহানুভূতি থেকে তিনি নিরামিষভোজীতে পরিণত হন; শিকার ছেড়ে দেন-অথচ এই ক্রীড়াটি অত্যন্ত পছন্দের ছিল-তাঁর জন্মদিনে বা হিন্দুদের পবিত্র স্থানসমূহে পশু উৎসর্গ নিষিদ্ধ ঘোষণা করেন। ১৫৭৫ সালে একটি উপাসনা গৃহ স্থাপন করেছিলেন তিনি যেখানে সকল ধর্মমতের পণ্ডিতগণ ঈশ্বর সংক্রান্ত আলোচনার জন্যে সমবেত হতে পারতেন। এখানে স্পষ্টতঃই ইউরোপ থেকে আগত জেসুইট মিশনারিরাই সবচেয়ে বেশি আক্রমণাত্মক ছিলেন। তিনি স্বর্গীয় একেশ্বরবাদের (তাওহীদ-ই-ইলাহি) প্রতি নিবেদিত নিজস্ব সুফী মতবাদ প্রতিষ্ঠা করেছিলেন যা সঠিক পথে পরিচালিত যেকোনও ধর্মে ঈশ্বর নিজেকে প্রকাশ করতে পারেন এমন এক রেডিক্যাল বিশ্বাস ঘোষণা করেছিল। আবুল ফজল আল্লামি (১৫৫১-১৬০২)-এর আকবার নামাহয় (দ্য বুক অভ আকবর) আকবরের জীবনকে মহীয়ান করে তোলা হয়েছে, এই গ্রন্থটিতে সুফীবাদের নীতিমালাকে সভ্যতার ইতিহাস ব্যাখ্যায় প্রয়োগের প্রয়াস নেওয়া হয়েছে। আল্লামি আকবরকে ফালসাফাহর আদর্শ শাসক ও তাঁর সময়ের আদর্শ বা সম্পূর্ণ মানুষ হিসাবে দেখেছেন। আকবরের মতো কোনও শাসক যখন একটি উদার, মহৎ সমাজ গড়ে তোলেন, অসম্ভব করে তোলেন গোঁড়ামিকে, তখন সভ্যতা সর্বজনীন শান্তির দিকে এগিয়ে যেতে পারে। ঈশ্বরের কাছে আত্মসমর্পণের ইসলামের যে মুল অর্থ সেটা যেকোনও ধর্মের মাধ্যমেই অর্জন করা যেতে পারে। তিনি তাঁর সময় ‘মুহাম্মদের (স) ধর্মের ঈশ্বরের ওপর একচেটিয়া অধিকার না থাকার দাবি করেছেন। অবশ্য সব মুসলিম আকবরের সঙ্গে একমত পোষণ করেনি; তাঁকে ধর্মের প্রতি হুমকি মনে করেছে। মুঘলরা যতদিন শক্তিশালী অবস্থানে ছিল ততদিনই কেবল তাঁর সহিষ্ণুতার নীতি স্থায়িত্ব পেয়েছে। ক্ষমতার অবনতি ঘটতে শুরু করলে মুঘল শাসকদের বিরুদ্ধে বিভিন্ন দল বা গোষ্ঠী বিদ্রোহ ঘোষণা শুরু করে, ফলে মুসলিম, হিন্দু ও শিখদের মাঝে ধর্মীয় দাঙ্গা-হাঙ্গামা বেড়ে ওঠে। সম্রাট আওরেঙযেব (১৬১৮-১৭০৭) হয়তো ভেবেছিলেন মুসলিম শিবিরে অধিকতর শৃঙ্খলা ফিরিয়ে এনে ঐক্য ফিরিয়ে আনা যাবে: তাই মদ্যপানের মতো বিভিন্ন শৈথিল্যের বিরুদ্ধে আইন জারি করেন তিনি, হিন্দুদের সাথে মেলামেশা অসম্ভব করে তোলেন, হিন্দুদের উৎসব অনুষ্ঠানের সংখ্যা হ্রাস করেন এবং হিন্দু-বণিকদের ওপর করের হার দ্বিগুণ করে দেন। তাঁর সম্প্রদায়িক নীতির সবচেয়ে উল্লেখযোগ্য প্রকাশ ছিল ব্যাপক হারে হিন্দুদের মন্দির ধ্বংস। আকবরের সহিষ্ণু নীতির সম্পূর্ণ বিপরীত এই নীতিমালা আওরেঙযেবের মৃত্যুর পর পরিত্যক্ত হয়, কিন্তু মুঘল সাম্রাজ্য আর কখনওই তাঁর সৃষ্ট ধ্বংসাত্মক গোঁড়ামি ও ঈশ্বরের নামে পবিত্রকরণের হাত থেকে বেরিয়ে আসতে পারেনি।
আকবরের জীবদ্দশায় তাঁর প্রবলতম প্রতিপক্ষ অসাধারণ পণ্ডিত শেখ আহমেদ শিরহিন্দি (১৫৬৪-১৬২৪) সুফী ছিলেন। শিষ্যরা তাঁকে সম্পূর্ণ মানুষ হিসাবে শ্রদ্ধা করত। শিরহিন্দি সরাসরি ইবন আল-আরাবীর অতিন্দ্রীয়বাদী ধারণার বিরোধিতা করেছেন। যার অনুসারীরা ঈশ্বরকেই একমাত্র সত্তা বলে বিশ্বাস করতে শুরু করেছিল। আমরা যেমন দেখেছি, মোল্লা সদরা অস্তিত্বের একত্বের ওয়াহদাত আল উঁহুদ ধারণার কথা বলেছেন। এটা শাহাদার অতিন্দ্রীয়বাদী ঘোষণা: আল্লাহ ছাড়া আর কোনও সত্তা নেই। অন্যান্য ধর্মের অতিন্দ্রীয়বাদীদের মতো সুফীগণ এক একত্বের অনুভূতি লাভ করেছে এবং গোটা অস্তিত্বের সঙ্গে একত্ব বোধ করেছিল। কিন্তু শিরহিন্দি অগম্য এই ধারণাকে পুরোপুরি মনের কল্পনা বলে বাতিল করে দিয়েছেন। অতিন্দ্রীয়বাদী যখন কেবল ঈশ্বরের প্রতি মনোনিবেশ করে তখন অন্য সবকিছু তার চেতনা হতে সরে যেতে শুরু করে, কিন্তু এর সঙ্গে বস্তুনিষ্ঠ কোনও সত্তার মিল নেই। প্রকৃতপক্ষে ঈশ্বর ও জগতের মাঝে কোনও রকম ঐক্য বা যোগাযোগের কথা বলতে যাওয়াটা সম্পূর্ণই মারাত্মক ভ্রান্ত ধারণা। আসলে, ঈশ্বরের সরাসরি অভিজ্ঞতা লাভ করার কোনও সম্ভাবনাই নেই। তিনি পবিত্ৰজন, নাগালের বাইরে, আবার নাগালের বাইরে, আবার নাগালের বাইরে। প্রকৃতির ‘নিদর্শনসমূহ নিয়ে ধ্যানের পরোক্ষ উপায় ছাড়া জগতের সঙ্গে ঈশ্বরের সরাসরি কোনও সম্পর্ক থাকতে পারে না। শিরহিন্দি ইবন আল-আরাবীর মতো অতিন্দ্রীয়বাদীদের চেয়েও উচ্চতর এবং অধিকতর শান্ত চেতনা স্তরে পৌঁছতে সক্ষম হয়েছিলেন। তিনি দার্শনিকদের দূরবর্তী ঈশ্বরে বিশ্বাস পুনঃস্থাপিত করার জন্যে অতিন্দ্রীয়বাদ ও ধর্মীয় অভিজ্ঞতাকে ব্যবহার করেছেন; যিনি বস্তুনিষ্ঠ কিন্তু অগম্য সত্তা। অনুসারীরা তাঁর দৃষ্টিভঙ্গিকে আন্তরিকভাবে গ্রহণ করলেও সংখ্যাগরিষ্ঠ মুসলিমরা তা করেনি, তারা অতিন্দ্রীয়বাদীদের সর্বব্যাপী অন্তস্থঃ ঈশ্বরে বিশ্বাসী রয়ে গেছে ।
ফিন্দিরিস্কি ও আকবরের মতো মুসলিমরা যখন অপরাপর ধর্মের মানুষের সঙ্গে বোঝাপড়ার প্রয়াস পাচ্ছিলেন তখন, ১৪৯২ সালে, পশ্চিমের ক্রিশ্চানরা দেখিয়ে দেয় যে, আব্রাহামের অপর দুটি ধর্মের নৈকট্য তাদের সহ্যের অতীত। পঞ্চদশ শতাব্দীতে ইউরোপে জুড়ে অ্যান্টি-সেমিটিজম বেড়ে ওঠে; ইহুদিদের একের পর এক শহর হতে বিতাড়িত করা হয়। ১৯২১ সালে লিন্য ও ভিয়েনা হতে, ১৪২৪ সালে (আবার ১৪৫০ সালেও) বাভারিয়া থেকে এবং ১৪৫৪ সালে মোরাভিয়া হতে, ১৪৮৫ সালে পেরুগিয়া, ১৪৮৬ ভিসেন, ১৪৮৮ সালে পরমা, ১৪৮৯ সালে লুক্কা ও মিলান এবং ১৪৯৪ সালে তোসকানি থেকে তাদের উচ্ছেদ করা হয়। স্পেন হতে সেফার্দিক ইহুদিদের বিতাড়নের বিষয়টিকে অবশ্য বৃহত্তর ইউরোপিয় প্রবণতার প্রেক্ষিতে দেখতে হবে । অটোমান সাম্রাজ্যে বসবাসকারী স্প্যানিশ ইহুদিরা বেঁচে থাকার জন্যে এক ধরনের অযৌক্তিক অথচ গভীর অপরাধবোধের পাশাপাশি স্থানচ্যুতির বোধে ভুগছিল। এটা সম্ভবত নাৎসি হলোকাস্ট থেকে বেঁচে যাওয়া ইহুদিদের অপরাধ বোধ হতে ভিন্ন কিছু নয়; সুতরাং বর্তমান যুগে কিছু সংখ্যক ইহুদি যে ষোড়শ শতাব্দীতে সেফার্দিক ইহুদিদের হাতে বিকাশিত আধ্যাত্মিকতায় আকৃষ্ট হচ্ছে সেটা তাৎপর্যপূর্ণ। ইহুদিরা নির্বাসনের সাথে নিজেদের মানিয়ে নিতে এই আধ্যাত্মিকতার জন্ম দিয়েছিল।
