একটি প্রাণীর কোন কোন অঙ্গের বিশেষভাবে এবং বিরাটভাবে বিকাশের জন্য এটি অতিশয় অপরিহার্য যে অন্য কতিপয় প্রত্যঙ্গ রূপান্তরিত এবং সহ-অভিযোজিত হবে। যদি শরীরের প্রত্যেক প্রত্যঙ্গ অল্পভাবে পরিবর্তিত হয়, তাহলে তা থেকে এমনটা হয় না যে প্রয়োজনীয় প্রত্যঙ্গগুলি সর্বদা সঠিক দিকে এবং সঠিক মাত্রায় পরিবর্তিত হবে। আমাদের বিভিন্ন গৃহপালিত প্রাণীদের ভিন্ন প্রজাতির ক্ষেত্রে আমরা জানি যে প্রত্যঙ্গগুলি একটি ভিন্ন মাত্রায় ও উপায়ে পরিবর্তিত হয় এবং কোন কোন প্রজাতি অন্যদের তুলনায় অধিকতর পরিবর্তনশীল। এমনকি উপযুক্ত পরিবর্তনগুলি উদ্ভূত হলেও এটি এরূপ হয় না যে প্রাকৃতিক নির্বাচন এদের ওপর কাজ করতে সমর্থ হবে এবং একটি অঙ্গ সৃষ্টি করবে যা প্রজাতির পক্ষে উপকারী হবে। উদাহরণস্বরূপ, কোন দেশে অবস্থানকারী এককদের সংখ্যা যদি শিকারি পশুদের দ্বারা, আন্তঃ অথবা অন্তঃ-পরজীবী ইত্যাদিদের দ্বারা মূলত ধ্বংসের মাধ্যমে নির্ধারিত হয়, যা হয় বলেই মনে হয়, তাহলে প্রাকৃতিক নির্বাচন খাদ্য সংগ্রহের জন্য যে কোন একটি বিশেষ অঙ্গকে রূপান্তরিত করার জন্য অল্পভাবে কাজ করতে সমর্থ হবে, অথবা বৃহত্তাবে হাস করবে। শেষতঃ, প্রাকৃতিক নির্বাচন একটি মন্থর প্রক্রিয়া, এবং স্পষ্ট কোন প্রভাব সৃষ্টি করার জন্য একই অনুকূল পরিবেশগুলি নিশ্চয় দীর্ঘস্থায়ী হবে। এরূপ সাধারণ ও অস্পষ্ট যুক্তির আশ্রয় না নিলে আমরা ব্যাখ্যা করতে পারি না কেন পৃথিবীর অনেক অঞ্চলে ক্ষুরওয়ালা প্রাণীরা উচ্চ গাছের পল্লবাদি ভক্ষণের জন্য দীর্ঘায়িত গলা অথবা অন্য কোন উপায় অর্জন করেনি।
উপরোক্ত ধরনের আপত্তি অনেক লেখকই উপস্থিত করেছেন। প্রত্যেকটি ঘটনায়, এখনই উল্লিখিত সাধারণ কারণটি ছাড়া আরও বিভিন্ন কারণ সম্ভবতঃ প্রাকৃতিক নির্বাচনের মাধ্যমে দেহগঠনসমূহ অর্জনে কিছু কিছু ভূমিকা পালন করেছে, যেটি কোন কোন প্রজাতির ক্ষেত্রে উপকারী হবে বলে মনে করা হয়। জনৈক লেখক প্রশ্ন করেছেন–উটপাখি কেন ওড়ার ক্ষমতা অর্জন করেনি? একটু ভাবলেই বোঝা যাবে যে বাতাসের মধ্য দিয়ে প্রকাণ্ড শরীর চালনা করার জন্য এই পাখিটিকে ভয়ঙ্কর শক্তি প্রদান। করতে কী বিপুল পরিমাণ খাদ্যের প্রয়োজন হবে। মহাসাগরীয় দ্বীপগুলিতে বাদুড় এবং সীলমাছরা বসবাস করে, কিন্তু কোন স্থলচর স্তন্যপায়ী প্রাণী বসবাস করে না; তথাপি যেহেতু এইসব বাদুড়দের কয়েকটি অদ্ভুত ধরনের প্রজাতি বর্তমান বাসস্থানে দীর্ঘকাল ধরে বসবাস করে থাকবে, সেজন্য স্যার সি, লিয়েল প্রশ্ন করেন এবং উত্তর হিসেবে কয়েকটি কারণও নির্ধারণ করেন, কোন সীল ও বাদুড়রা ঐ সব দ্বীপে বসবাস করার উপযুক্ত আকারের জন্ম দেয় না। কিন্তু প্রথমে সীলদের অবশ্যই উপযুক্ত আকারের স্থলচর মাংসাশী প্রাণীতে এবং বাদুড়দের স্থলচর পতঙ্গভূক প্রাণীতে রূপান্তরিত হতে হবে; পূর্বেরটির জন্য কোন শিকার থাকবে না; বাদুড়দের জন্য ভূমিজ পতঙ্গগুলি খাদ্য হিসেবে ব্যবহৃত হবে, কিন্তু এগুলিকে সরীসৃপ ও পাখিরা ইতিমধ্যেই শিকার হিসেবে খেয়ে থাকবে, যারা অধিকাংশ মহাসামুদ্রিক দ্বীপগুলিতে বসবাস করতে শুরু করেছে। এবং সংখ্যা বৃদ্ধি করেছে। একটি পরিবর্তনশীল প্রজাতির পক্ষে উপকারী প্রত্যেক ধাপের সঙ্গে যুক্ত দেহাঙ্গের ক্রমবিন্যাসগুলি কেবলমাত্র কোন কোন বিচিত্র পরিবেশেই আনুকূল্যপ্রাপ্ত হবে। অগভীর জলে, তারপর ছোট নদী অথবা হ্রদগুলিতে মাঝেমাঝে খাদ্য শিকারের দ্বারা একটি যথাযথ স্থলচর প্রাণী খোলা সমুদ্রে ঘোরাফেরা করার জন্য সম্পূর্ণরূপে একটি স্থলচর প্রাণী হিসেবে অবশেষে রূপান্তরিত হয়ে থাকবে। কিন্তু সীলমাছেরা একটি স্থলচর আকারে ক্রমিক পুনঃরূপান্তরের জন্য মহাসামুদ্রিক দ্বীপগুলিতে অনুকূল পরিবেশ পাবে না। যেমন আগে দেখানো হয়েছে যে বাদুড়রা সুপরিচিত উড়ন্ত কাঠবিড়ালির মতো বাতাসের মধ্য দিয়ে গাছ থেকে গাছে লাফানোর জন্য প্রথমে ডানাগুলি শত্রুদের হাত থেকে আত্মরক্ষার জন্য অথবা পড়ে যাওয়া এড়ানোর জন্য অর্জন করেছে; কিন্তু যখন প্রকৃত উড্ডয়ন ক্ষমতা একবার অর্জিত হয়, তখন কখনও অন্ততঃ উপরোক্ত উদ্দেশ্যগুলির জন্য বাতাসের মধ্য দিয়ে ভেসে যাওয়ার কম দক্ষ ক্ষমতায় পুনঃরূপান্তরিত হবে না। বাস্তবিকপক্ষে, অনেক পাখির মতো বাদুড়দের। ডানাগুলিও অব্যবহারের ফলে আকারে বহুলাংশে হ্রাস পেয়েছে অথবা সম্পূর্ণরূপে লুপ্ত হয়েছে; কিন্তু এক্ষেত্রে এটি প্রয়োজনীয় হবে যে এরা পাখি অথবা অন্য স্থলচর প্রাণীদের সঙ্গে প্রতিযোগিতার জন্য কেবলমাত্র পিছনের পাগুলির সাহায্যে ভূমির উপর দিয়ে দৌড়ে যাওয়ার ক্ষমতা প্রথমে অর্জন করে থাকবে; এবং এভাবে একটি পরিবর্তনের জন্য বাদুড়রা সম্ভবত অনুপযুক্ত। এইসব অনুমানভিত্তিক মন্তব্য করা হয়েছে শুধুমাত্র এটা দেখানোর জন্য যে দেহ অঙ্গের যে কোন উত্তরণ, যার প্রতিটি ধাপ হিতকর, হচ্ছে। অতিশয় জটিল একটি ব্যপার; এবং কোন বিশেষ ক্ষেত্রে উত্তরণ না হওয়া কোন অদ্ভুত ব্যাপার নয়।
শেষতঃ, একাধিক বিশেষজ্ঞ প্রশ্ন করেছেন, অন্যদের তুলনায় কিছু প্রাণীর মানসিক ক্ষমতা কেন বেশি বিকশিত হয়েছে, যখন এইসব বিকাশ সকলের পক্ষেই সুবিধাজনক হতে পারত? এপ-বানররা কেন মানুষের মতো মানসিক ক্ষমতা অর্জন করেনি? এগুলির বিভিন্ন কারণ দেখানো যেতে পারত, কিন্তু যেহেতু এগুলি কল্পনামূলক এবং এদের আপেক্ষিক সম্ভাব্যতা পরিমাপ করা যেতে পারে না, সেহেতু এর উত্তর দেওয়া অপ্রয়োজনীয়। পরের প্রশ্নটির কোন সঠিক উত্তরে আশা করা উচিত হবে না, কেননা কেউ এইসরলতম সমস্যাটির সমাধান করতে পারবে না যে বর্বরদের দুটি জাতের মধ্যে একটি কেন অন্যটির তুলনায় সভ্যতার উচ্চ শিখরে উঠেছে, এবং আপাতভাবে মনে হয়। বৃদ্ধিপ্রাপ্ত মানসিক ক্ষমতার জন্যই এরূপ হয়েছে।